Eppure c'è ne di gente che si fa l'immagine di sistema e la ripristina anche spesso e non ha problemi.

E su google ho trovato anche gente con lo stesso problema dopo aver installato da zero.

In più se fosse stata la clonazione penso che almeno il setup di sarebbe dovuto avviare, invece quando ho provato il ripristino non si è avviato nemmeno quello, ha fatto la parte del cd e poi basta.

Comunque ora ho fatto questo escamotage. Ho lasciato l'hdd come disco di avvio, ho lasciato una piccola partizione ntfs in cui ho lasciato ntldr, boot.ini e ntdetect con il boot.ini configurato per puntare all'ssd. (cosa strana: inverte i numeri del disco (1-0) rispetto a gestione disco), ed una piccola ext3 in cui ho fatto puntare il grub e avvio da hdd meccanico ma con i sistemi installati su sdd.

Per adesso va bene così, anche se mi piacerebbe sapere definitivamente dove sta il problema, se veramente è un incompatibilità o cosa, magari al prossimo upgrade ci ripensiamo.

ps: i bl alternativi li ho provati perché speravo che bypassassero ntldr.