Forse a te non va in crash perché lo fai in un modo diverso (quale?) o hai un recorder che mette un time break, ma se non funziona se lo fai in un'altra maniera è comunque un bug non ti sembra
Può darsi siano file diversi, il fix in Streamclip me lo chiede prima e il salvataggio ma non per tutti i files, anche salvando mpeg con mp2 audio problemi non me ne da.
Per quanto riguarda l' .idx si, solo con gli mpeg, però sempre me lo fa sempre.
Può darsi siano da rivedere alcune configurazioni di avidemux, hai provato a buttare la cartella avidemux nella spazzatura, pulire il registro e riscaricarlo?

Spero che da te sia meglio dei 30° che ho
22-23 gradi stabilmente, giorno e notte ;-)